אייקידו נוסדה על ידי מוֹרִיהֵי אוּאֶשִׁיבָּה, המכונה גם או-סנסאיי (המורה הגדול) על ידי ממשיכי דרכו. אואשיבה פיתח והרחיב אומנויות לחימה יפניות שונות ושילב אותן עם תורות רוחניות מן המזרח המטיפות לשלום ואחווה. השם אייקידו נטבע סופית בשנת 1942, אז הוכרה אייקידו כאומנות לחימה ותורה רוחנית נבדלת וייחודית.
מבחינת טכניקות הלחימה, אייקידו שואבת מאומנויות רבות, אך בראש ובראשונה מצורות שונות של ג'יו ג'יטסו, אמנות שפותחה על ידי הסמוראים ביפן במשך מאות שנים. ההיסטוריה של אומנויות הלחימה ביפן היא עשירה ועמוסה בעשרות זרמים ותת זרמים שפותחו שם על ידי אנשי צבא, נזירים, ואיכרים ששאפו להגן על רכושם בימים קשים. אומנויות הלחימה הגיעו ליפן מן הסינים, ואלה, בתורם, שאלו את הרעיון של האימון המסודר של הגוף יחד עם משמעת פיזית ורוחנית חמורה מן היוגה ההודית.
נדלג, אם כן, על מאות ואולי אלפי שנים של גלגוליהן והסתעפויותיהן של אומנויות הלחימה השונות, וננחת ביפן של סוף המאה התשע עשרה ותחילת המאה העשרים, תקופת בחרותו של מוריהי אואשיבה. תקופה זו הייתה תקופה של משבר ושינוי באומנויות הלחימה, שכן השתלטותו המוחלטת של הנשק החם על שדה הקרב החלה לערער את הרלוונטיות של אומנויות הלחימה ביד ריקה ובנשק קר.
מאות שנים של פיתוחים גופניים, רוחניים ותרבותיים היו בסכנה, ומוריהי אואשיבה הפך להיות אחד מאבות האומנויות המודרניות, שמנסות לצקת תוכן חדש למסורות העתיקות.
מן הג'יו ג'יטסו אפשר לומר שיצאו במאה העשרים שני ענפים עיקריים שניסו לשמר את הרלוונטיות של אומנות הלחימה בעולם המודרני. ענף אחד היה הג'ודו, שנוסד על ידי ג'יגורו קאנו, והפך את אומנות הלחימה לספורט שהוא גם תורה של הגנה עצמית, והשני היה אייקידו, ששימר את אומנות הלחימה כפרקטיקה לפיתוח אישי בעלת עומק ומשמעויות רוחניות.
אואשיבה נולד ביפן ב-1883 ובילדותו הושפע עמוקות מכך שאביו הוכה על ידי בריונים על רקע מחלוקות פוליטיות, והוא גמר אומר ללמוד להגן על עצמו. אואשיבה החל להתאמן באומנויות לחימה שונות, גם ביד ריקה וגם באימוני חרב, מקל וחנית. מאוחר יותר, החל ללמוד אצל רב האומן סוקאקו טקאדה את אומנות האיקי-ג'יו ג'יטסו או דאיטו-ריו, ומבחינות רבות הוא היווה את ההשפעה הגדולה ביותר על אואשיבה, ונתן לו את ההשראה לפתח סגנון משלו.
במהלך שנות העשרים והשלושים של המאה העשרים המשיך אואשיבה ללמוד, ללמד ולפתח את סגנונו החדש, שכונה במשך הזמן בשמות רבים כמו איקיבודו ואיקינומיצ'י.
מותו של אביו השפיע על אואשיבה קשות. הוא מכר את אדמת אבותיו והצטרף למנזר, שם למד במשך שמונה שנים מפיו של דגוצ'י אוניסאבורו את תורת האומוטוקיו, שהטיפה לסובלנות ושלום. מורו הרוחני עודד אותו לחזור ולפתח את אומנות הלחימה שלו, ולחשוף את המטרה האמיתית של ה"בודו" (דרך הלוחם): הפגת כל לחימה ועימות.
אם היה אואשיבה האב של אייקידו, אפשר לראות את איקי-ג'יו ג'יטסו של טקאדה בתור הסב. תורת האומוטקיו היא כת שנוסדה על ידי אישה (נאו דגוצ'י), והונהגה בעיקר על ידי נשים, ולכן אפשר לכנות אותה ה"סבתא" של אייקידו. המעניין הוא שאואשיבה שילב רוחניות עם גופניות, נשיות עם גבריות אם תרצו, והפך אותם לאחדות ניגודים קומפלמנטרית (השלמה הדדית), כמו בסמל הין והיאנג שחוזר שוב ושוב בתורות המזרח.
מושפע מזוועות מלחמת העולם השנייה, ייסד אואשיבה את אייקידו ב-1942, מתוך תקווה שהאומנות שלו תקדם את השלום בעולם. לאחר המלחמה הוא פרש לכפר קטן בשם איוואמה, שם לימד בשנות החמישים את הצורה הבשלה ביותר של אייקידו, ומשם שילח את תלמידיו לכל קצווי תבל להפיץ את התורה.
אואשיבה, איש נמוך קומה שהיה אמנם בצעירותו חזק וזריז, היה כעת אדם זקן בעל מיומנות טכנית אגדית ושלווה רוחנית מאין כמותה, שהשתמש בטכניקות רכות וחסכוניות יותר ויותר, בלתי נראות כמעט. הדוג'ו שייסד נוהל אז על ידי בנו, והוא קיים עד היום.
אואשיבה הלך לעולמו ב – 1969, והותיר אחריו תלמידים בכירים שהמשיכו את דרכו, אך העניקו פרשנויות שונות לתורתו של המורה הזקן.
כשם שההשפעות על אייקידו היו רבות ומגוונות, וגלגוליה לאורך השנים היו שונים זה מזה, כך גם מגוון מספר הפרשנויות של תלמידיה, שהשוני ביו הסגנונות שלהם הוליד זרמים שונים באייקידו. יש שמשכו את אייקידו חזרה לשורשיה הלוחמניים יותר, ויש שהרחיקו אותה מאומנות הלחימה והפכו אותה לתורה של תנועה ואף ריקוד, אך הזרם המרכזי של אייקידו נותר, למרות ההבדלים והניואנסים הטכניים, אומנות לחימה אחת החותרת לפתרונות רכים ואלגנטיים להתקפות אלימות.